按“自然字符”分类
Linnaeus不认为性系统是他向往的“植物学改革”的主要贡献。他的主要贡献是以小册子Fundamenta Botanica（1736年；“植物学的基础”）的形式，该手册勾勒了植物分类和命名所遵循的原则和规则。
1735年，林奈夫斯遇见了Boerhaave，后者将林奈夫斯介绍给当地的英国商人和银行家乔治·克利福德（George Clifford），他与荷兰东印度公司有密切的联系。克林福德（Lifnaeus）对林奈的知识印象深刻，克利福德（Clifford）为林奈（Linnaeus）提供了植物园馆长的职位。林奈（Linnaeus）接受了这一职位，并利用这次机会在另外的出版物中扩大了Fundamenta Botanica的某些章节：Bibliotheca Botanica（1736；“植物学图书馆”）；植物学评论家（Critica Botanica）（1737；“植物学评论”）；和Plantarum类（1738年；“植物类”）。他在另外两个出版物中运用了这些书中规定的理论框架：Hortus Cliffortianus（1737），这是Clifford收藏中的物种目录；植物属（Genera Plantarum）（1737；“植物属”），修改和更新了Tournefort首次提供的植物属的定义。
Linnaeus认为Plantarum属是他最重要的分类学成就。与其他植物学家先前对通用定义的尝试（通过一系列任意划分）进行对比，Planetarum提出了一种基于Linnaeus称为属的“自然特征”的系统，即对花朵和果实所有部分的形态描述。与基于任意划分的系统（包括他自己的性系统）相比，基于自然特征的系统可以容纳越来越多的新物种（通常具有不同的形态特征）从其海外贸易场所和殖民地涌入欧洲。
然而，林奈夫斯对生物的人工分类和自然分类之间的区别提出了使生物陷入自然等级的机制的问题。他只能针对物种回答这个问题：根据林奈（Linnaeus）的观点，物种在形式上是相似的，因为它们源自上帝在世界之初创造的同一个父母对。他的许多同时代人都拥有类似的物种概念。法国博物学家乔治·路易·勒克莱尔·德·布丰（Georges-Louis Leclerc de Buffon）就是这样一位著名人物，他当时从事类似的，包罗万象的自然历史项目，尽管布丰对自然属，秩序或阶级的存在表示怀疑。Linnaeus试图在杂交的背景下解释这些分裂的存在。但是，在英国自然学家查尔斯·达尔文（Charles Darwin）在其《物种起源》（Origin of Species）（1859）中以相似的血统解释了相似性之前，自然等级制的问题不会得到令人满意的回答。
