尽管19世纪巴拿马是哥伦比亚的一部分时在巴拿马有分裂主义运动，但没有公认的巴拿马国旗。1903年，哥伦比亚参议院否决了与美国的拟议条约，该条约原本打算修建巴拿马运河，美国人协助了巴拿马独立运动，从而成立了巴拿马共和国。
最初提出了一种利用哥伦比亚国旗颜色的国旗设计。它由红色和黄色相等的水平条纹和蓝色的州组成，蓝色的州带有两个相连的黄色太阳，象征着未来的巴拿马运河将地球的两半连接在一起。最终选择的标志设计于1904年7月4日正式成为官方标志。每季度分为两颗星。象征性的象征是政府中两个主要政党的交替（最初，红色代表自由主义者，蓝色代表保守派，白色代表他们之间的和平），尽管颜色和星星清楚地暗示了国旗的影响。美国。巴拿马国旗由新共和国第一任总统之子曼努埃尔·E·阿马多尔（Manuel E. Amador）设计。
