亚历山德里亚的科普特东正教教堂，又称科普特东正教教堂，东方东正教教堂和主要的基督教教堂，主要为穆斯林埃及。在7世纪阿拉伯人征服之前，埃及人民将自己和他们的语言用希腊语标识为Aigyptios（阿拉伯语qibṭ，西化为Copt）。当埃及穆斯林后来不再称自己为“埃及人”时，该词成为基督教少数派的独特名称。在19世纪和20世纪，他们开始自称为科普特东正教派，以区别于converted依罗马天主教的科普特人（另见科普特天主教堂）和东正教，后者大多是希腊人（另见希腊东正教宗主教）亚历山大）。
在第4和第5世纪，科普特人与埃及的说希腊语的罗马人（或称麦基）之间发生了神学冲突。查尔斯顿议会（451）拒绝了单一形而上学说，即耶稣基督只有神而不是人的天性的信念，并肯定了他的神性和人性。麦基尔人认可了查尔斯顿的结局。但是，科普特教会成为拒绝在查尔斯顿商定的关于基督的两种本质的基督论语言的东方教会之一。然而，尽管罗马天主教和东正教教会谴责这些东方教会是单一物理异端邪说，但科普特教会和其他前加利多顿教派或（自20世纪以来）东方东正教采取了神学立场，称为神学家论。承认亚历山大的圣西里尔（c。375-444）宣称上帝是“道的一个化身”，米拉普利特人宣布，通过化身，基督的人性和神性都以一种单一的性格同时存在（因此希腊文的前缀mia，“ same”），与单词造出的肉一样。科普特教徒和其他轻率的教会并没有否认他们被指责的基督的人性，而是给予他的人性和神性在基督身上的同等地位。
在7世纪阿拉伯人征服埃及后，科普特人不再讲希腊语，而语言障碍也增加了争议。拜占庭皇帝进行各种妥协的尝试都化为乌有。后来，哈里发虽然倾向于青睐采用伊斯兰教的人，但并未对教会的内政产生太大影响。对居住在一个伊斯兰国家的非穆斯林征收的“自iz”税在18世纪被废除了。
现在，科普特东正教的服务中使用阿拉伯语来学习圣经中的内容以及许多不同的赞美诗；只有所有上教堂的人都能理解的简短内容不是阿拉伯语。服务手册使用归因于圣马克，亚历山大·圣西里尔和纳赞祖斯的圣·格雷戈里的礼拜仪式，以科普特（亚历山大的毛发方言）书写，阿拉伯文并列。
1890年代后，科普特东正教建立了民主的政府体制。先祖和十二位教区主教在有充分代表的社区委员会的协助下，规范教堂和学校的财务状况，并管理与婚姻，继承和其他个人地位有关的规则。当族长去世时，主要是外行的选举学院选出三名年龄至少在50岁以上的合格僧侣作为族长职位的候选人。在这三者中，最终的选择是在祈祷后进行的。
最高级别的主教是居住在开罗的亚历山大族长。他被称为教皇，并从圣马克（St. Mark）要求其办公室有使徒权力。教堂在埃及的许多地方都有自己的小学和中学，并且开展了一场强大的星期日学校运动，对无法上科普特学校的孩子进行宗教教育。开罗设有科普特研究学院，与该学院有关的神学院和科普特博物馆。科普特东正教的教学甚至已经成为公立学校中基督教儿童宗教教学中使用的教学大纲的基础。
在耶路撒冷和圣地的其他地区有建于19世纪和20世纪的科普特东正教教堂，以及在苏丹喀土穆的科普特主教教堂。教堂在北美，澳大利亚和英国也占很小的比例。埃塞俄比亚，亚美尼亚和叙利亚东正教教堂都是与科普特东正教教堂相通的东方东正教教堂。几个世纪以来，罗马天主教和东正教教堂一直将东方东正教教堂视为异端。但是，自20世纪末以来，科普特东正教教堂与其他东方东正教教堂一样，已经开始与这两者进行对话，解决了许多神学纠纷，并得到公认是东正教基督教的主流。
