吴哥窟的中央建筑以不同的艺术表现形式自19世纪（即法国对柬埔寨的保护国成立之初）就出现在高棉国旗上。第一个标志是红色的，蓝色为边框，寺庙为白色。1948年，通过采用不等的深蓝色，红色和深蓝色水平条纹，对国旗进行了“现代化”处理，并对寺庙进行了改动，使其更贴近原版。柬埔寨独立后，该旗帜继续使用。然而，君主专制制度的结束和高棉共和国的宣告在1970年10月产生了新国旗。“核心国旗”成为州，而田野是蓝色的，上面有三颗白星。
共产主义叛乱分子最初使用1948–70年国旗，但于1975年4月在朴素的红色旗帜下上台。当他们的民主柬埔寨于1976年1月通过宪法时，在红旗的中央放置了一个三塔黄色的庙宇轮廓，直到越南支持的军队宣布柬埔寨为中华人民共和国时，才由五塔黄色的庙宇取代。 1979年，竞争对手“柬埔寨国”（红色高棉）和“柬埔寨”（越南）政府在联合国行政管理之前对国旗进行了进一步的修改，它们在中心悬挂了淡蓝色国旗和该国的轮廓图。联合国帮助结束了内乱，并导致该国在1993年举行了自由选举。同年6月30日再次悬挂了1948–70年的国旗。
