波斯尼亚混合种族，从未发展出自己的独特民族象征。例如，在1946年至1991-92年由共产党领导的南斯拉夫统治下，波斯尼亚和黑塞哥维那社会主义共和国只是在州内使用带有小南斯拉夫国旗的红色横幅。在1992年3月3日宣布独立时，该国的波斯尼亚人，塞族人和克罗地亚人没有可接受的旗帜。因此，波斯尼亚统治的政府采用了它希望成为遥远过去的中立象征的东西。它选择了国王斯特凡·托马斯（StjepanTomaš）（1443–61年在位）所使用的徽章，这归功于中世纪最伟大的波斯尼亚统治者Tvrtko I（1377–91）。带有白色对角线条纹的蓝色盾牌将六个金黄色的鸢尾花分隔开，被放置在白旗的中央。由Zvonimir Bebek于1992年5月4日正式采用的艺术作品。
当该国陷入内战时，许多克罗地亚人和塞族人拒绝了这个旗帜。1995年底在美国俄亥俄州代顿签署的和平协议承认了塞族共和国与波斯尼亚和黑塞哥维那联邦之间的国家分裂，通常被称为克罗地亚－穆斯林联合会。每个州都有自己的标志，克罗地亚人继续优先使用克罗地亚国旗，而不使用联邦国旗，但是1992年共和国的国旗在国际上仍然得到认可。
1995年的协议要求最终创造一面旗帜来代替1992年的设计，但国家立法机构在这方面是无效的。因此，联合国设立了一个新的旗帜（1998年2月4日），该旗帜不能与单个种族，宗教或政治团体象征性地联系在一起。
