在科索沃于2008年2月17日宣布独立之前，它从未具有允许其升起旗帜的政治地位。第二次世界大战后，科索沃作为塞尔维亚共和国的自治区（后来的自治省）并入社会主义南斯拉夫。联邦政府只授权为南斯拉夫的几个组成共和国提供旗帜。但是，居住在科索沃的阿尔巴尼亚族人最终被允许悬挂阿尔巴尼亚国旗。
在1990年代初社会主义南斯拉夫解散后，科索沃仍然是塞尔维亚的一部分，但是该省的分离主义运动在整个十年中都得到了加强。塞尔维亚于1998年对科索沃的分离主义分子采取了惩罚性行动，北大西洋公约组织（北约）于1999年对此采取了反击措施。科索沃由联合国管理，在科索沃2008年宣布独立后一直留在联合国，直到2009年被欧洲联盟（EU）官员大为取代。塞尔维亚和许多其他国家仍然反对这一独立宣言。
举行了正式比赛，为科索沃选择国旗。许多条目直接或间接基于阿尔巴尼亚国旗的设计。所选择的模式受到欧盟旗帜的影响，明确声明了科索沃是一个多民族国家。欧盟旗帜的蓝色和黄色分别用作旗帜的背景和国家领土的轮廓，欧盟旗帜的白色星星圆圈与科索沃国旗上的白色星星弧平行。据说这些明星代表着该国六个主要民族（阿尔巴尼亚人，波斯尼亚人，高拉尼人，罗马人，塞族人和土耳其人）。但是，科索沃的阿尔巴尼亚族和塞尔维亚族居民继续使用各自的国旗。
