日本东正教教堂是东方东正教教堂的自治机构，与莫斯科宗主教建立典范关系，这确认了东京都的当选。日本东正教教堂是由杰出的传教士尼古拉·卡萨特金（Nikolay Kasatkin，1836–1912年）创立的，他成为日本第一位东正教大主教，并于1970年被圣封为圣徒。
自宣教开始（1872年）以来，教会从不依赖外国宣教人员。日本神父在东京的神学院接受训练后被任命为神职人员，而牧师和俗人的集会则完全控制着教会的事务。日本东正教的这种土著特征使其得以幸免于几次政治考验和孤立时期，例如日俄战争和两次世界大战。在1945年至1970年之间，教堂由俄罗斯大都市区的教会管辖。 1970年，它从其母教堂莫斯科的族长那里获得了永久的自治法规。东京东正教大教堂，其创始人尼古拉·卡萨特金（Nikolay Kasatkin）称为尼古拉大教堂，是日本首都最大的宗教建筑之一。这座教堂大约有30,000名成员，在东京，京都和仙台设有教区。
