作为大主教
Theobald逝世近一年后，坎特伯雷的视线空荡荡。托马斯意识到国王的意图，并试图通过警告国王来劝阻他。亨利坚持不懈，托马斯当选。一旦奉献，托马斯改变了他的观点和生活方式。他变得虔诚而严厉，并拥护罗马教皇及其经典法的整体方案。这一惊人的变化使历史学家感到困惑，并尝试了几种解释：托马斯被统治的野心所陶醉，或者像以前一样将自己扔到了他同意扮演的角色中。更简单的假设是，他最终接受了被他遗忘为总理的精神义务，并把他混杂的精力，品格力量，浮躁和炫耀变成了新的渠道。亨利很不高兴，他立即辞去了总理职务，但坚持执政，直到国王迫使他辞职。
亨利自1158年8月以来一直在诺曼底，而他在1163年1月返回时，托马斯通过反对税收提案和驱逐一名主要男爵而开始了斗争。他对“犯罪职员”的态度更为严肃。在西欧，被告神职人员长期以来一直享有在主教而不是世俗法庭上受审的特权，而且通常受到的罚款比普通法庭所评估的要轻。在诺曼人征服之前的英格兰，这仍然是习俗。如果在教会法院被裁定有罪，神职人员可能会被降级或放逐，但不会导致死亡或残害。在诺曼征服之后的60年里，人们几乎没有听说过文书犯罪或其刑罚，而在大陆上，改革者则倾向于强调教会的唯一权利，即以重大命令审判书记员。托马斯的立场是有争议的，并最终胜出。他的立场是：有罪的书记可以降级并由主教惩罚，但不应再由非专业权威再次惩罚（“对同一错误不要两次”）。亨利（Henry）认为文书犯罪盛行，并且由于没有严厉的刑罚而受到鼓舞，这对现代读者来说是一种公平的说法。但是必须记住，国王的动机是专制和行政的，而不是开明的。但是，在这一点上，可以认为托马斯的僵硬立场是不明智的。
该问题加入了威斯敏斯特议会的审议（1163年10月），但危机发生在克拉伦登（1164年1月，威尔特郡），当时国王要求对所有传统王室权利给予全球同意，减少为16个头以内的成文，即克拉伦登的宪法。这些主张了国王有权惩治犯罪人员，禁止驱逐王室官员和向罗马提出上诉的权利，并赋予国王空洞的收入和影响主教选举的权力。亨利有理由说亨利一世已行使这些权利，但托马斯也有理由坚持认为这些权利违反了教会法。托马斯在口头接受《克拉伦登宪法》后，撤销了他的同意，并向当时在法国的教皇提出了上诉，后者支持他，同时反对提速行动。
与亨利争吵
托马斯和亨利之间的良好关系到此结束。大主教出于封建义务被国王召唤接受审判。在北安普敦议会（1164年10月6日至13日）上，很明显，亨利打算毁灭和监禁或强迫大主教辞职。在这方面，他受到一些主教的鼓励，其中包括伦敦主教吉尔伯特·佛利奥特（Gilbert Foliot）。托马斯变相逃离法国避难。教皇亚历山大三世获得了荣誉，但果断地采取了有利于他的决定性行动，担心他会把亨利扔进神圣的罗马皇帝腓特烈一世和他的反教皇帕夏尔三世的怀抱。
托马斯的流放持续了六年（1164年11月2日至1170年12月2日）。他与许多尊贵的家庭一起生活，过着隐居的生活，首先是在蓬蒂尼修道院，然后是当亨利威胁僧侣时，在森斯附近的一个修道院里。亨利同时夺取了大主教及其支持者的财产，并放逐了托马斯的所有住所。亲戚们。在随后的几年中，和解进行了几次失败的尝试，但是国王新的敌对行为和托马斯对他的对手的驱逐宣言使斗争陷入困境。
主教分裂了，但是在Foliot的带领下，他们中的大多数要么对Thomas怀有敌意，要么不愿支持他。教皇的使节不止一次地进行调解，国王和大主教于1169年在蒙米拉伊尔聚集在一起，只是为了激怒。托马斯不信任国王，反过来又被国王讨厌。同年，亨利推出《克拉伦登宪法》的补充内容，实际上使英格兰脱离了教皇的服从。最终，在1170年，他的长子被贝克特的老对手约克大主教加冕为国王。
这是公然违反教皇的禁令，并违反了坎特伯雷（Canterbury）加冕国王的不朽权利。托马斯，接着是教皇，驱逐了所有责任者。亨利由于担心要对英格兰实行禁令，于7月22日在弗雷特瓦（Fréteval）遇见了托马斯（Thomas），并同意托马斯应返回坎特伯雷（Canterbury）并收回他所拥有的一切财产。双方都没有退出关于克拉伦登宪法的立场，这次没有提及。这种“开放式”的协议仍然是一个莫名其妙的事件。托马斯（12月2日）回到了坎特伯雷（Canterbury），受到热烈欢迎，但敌对的王室公务员被进一步驱逐出境，拒绝解除约克·罗杰（Roger of York）和弗利奥特（Foliot）的驱逐出境，他对动荡的赞誉立即表示接受，这激怒了亨利在诺曼底。
