在美国内战（1861-65）期间，美利坚联盟国于1861年3月5日开始使用其第一面旗帜“星条旗”。在第一次公牛奔跑战役结束后，星条旗和联邦星条旗使部队很难区分敌对友人，同盟国指挥官请示一面新国旗。1861年11月，发布了第一批邦联战旗。尽管战旗图案的变化多样且广泛，但最常见的设计被称为“南十字星”，其特征是蓝色的盐盾（对角十字），饰以白色，上面有13个白星，代表了美国的11个州。邦联加上密苏里州和肯塔基州-一片红色。战旗是方形的，而不是矩形的，其尺寸根据兵种而有所不同，步兵的宽度从48英寸（120厘米）到骑兵的宽度是30英寸（76厘米）。
在接下来的两年中，星条旗的设计有所变化。1863年5月1日，联邦通过了第一面官方国旗，通常被称为“不锈钢旗帜”。这种设计将战旗作为一个州整合在白色的田野上。然而，随着时间的流逝，该设计引起了批评，因为广泛的白色领域的展示可能会被误解为投降宣言。1865年3月4日，即战争结束前一个月，对该设计进行了修改。所谓的染血旗帜在1863年的设计中增加了垂直的红色条纹。
战后，同盟战旗将继续作为美国同盟国最知名的标志。密西西比州的州旗将战旗作为其州，而佐治亚州的旗则以各种排列形式包含战旗和星条旗。从20世纪下半叶开始，南方的许多团体对在包括一些州议会大厦在内的公共建筑上悬挂同盟战旗的做法提出了挑战。支持该传统的人认为，该旗帜使人想起了南方的遗产和战时的牺牲，而反对者则将其视为种族主义和奴隶制的象征，不宜正式展示。
