主要组织相容性复合体（MHC），一组编码在细胞表面发现的蛋白的基因，可帮助免疫系统识别异物。在所有高等脊椎动物中都发现了MHC蛋白。在人类中，该复合物也称为人类白细胞抗原（HLA）系统。
MHC蛋白分子有两种主要类型-I类和II类。I类MHC分子跨越生物体几乎所有细胞的膜，而II类分子则局限于免疫系统中称为巨噬细胞和淋巴细胞的细胞。在人类中，这些分子由数个基因编码，这些基因全部聚集在6号染色体的同一区域。每个基因具有异常多的等位基因（产生蛋白质替代形式的基因的替代形式）。结果，两个人拥有相同的一组MHC分子（统称为组织类型）非常罕见。MHC还包含多种编码其他蛋白质的基因，例如补体蛋白，细胞因子（化学信使）和酶，这些基因被称为III类MHC分子。
MHC分子是免疫系统的重要组成部分，因为它们允许T淋巴细胞检测摄入了感染性微生物的细胞，例如巨噬细胞。当巨噬细胞吞噬微生物时，它会部分消化该微生物，并在其表面显示结合MHC分子的微生物的肽片段。T淋巴细胞识别附着在MHC分子上的外源片段并与其结合，从而刺激免疫反应。在未感染的健康细胞中，MHC分子呈递来自其自身细胞的肽（自身肽），而T细胞通常不与之反应。
MHC分子最初被定义为刺激生物体对移植的器官和组织的免疫反应的抗原。在1950年代，在小鼠中进行的皮肤移植实验表明，移植排斥是宿主生物针对异物组织发起的免疫反应。宿主将移植组织细胞上的MHC分子识别为外来抗原并对其进行攻击。因此，成功移植的主要挑战是找到具有尽可能相似组织类型的宿主和供体。源自希腊语“ histo”（意思是“组织”）和英文单词“ compatibility”的术语“组织相容性”被用于MHC分子，以描述其在移植反应中的功能，但并未揭示其真正的生理功能。
